新竹縣政府14日在簡報室沙盤推演「99年流感疫情（H5N1）桌上防疫應變措施」，由指揮官邱鏡淳縣長率領一級主管實際演練。邱縣長表示，防疫如作戰，在面臨這一次H5N1疫情，更應強化著重社區關懷與社區防堵，使新竹縣防疫機制更為完善，避免疫情擴大到社區，以保障縣民健康。
演練過程以兵棋推演方式進行，指揮官依腳本內容下達指示，各局處單位也請依腳本內容作答復報告。演練有2個假設狀況：狀況一是衛生局於99年11月1日下午6時，自傳染病通報系統確認：東元綜合醫院在10月31日下午，通報1例H5N1流感調查病例的檢體結果為A型H5N1新型流感陽性反應。而住本縣寶山鄉新城村，已將此案列為「H5N1流感境外移入確定病例」。中央同時因為此次已發生了人傳人的情況，所以發布進入第2級疫情。縣府同時緊急召開「新竹縣流感疫情指揮中心會議」。
狀況二是99年11月3日上午，個案太太電話告知寶山鄉衛生所，父母皆已出現流感發燒症狀。經衛生所主任診斷疑似被感染，並通報、採檢、先送東元醫院隔離治療。縣府再次召開「新竹縣流感疫情指揮中心會議」。
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