新竹科學園區三期案22日在內政部都市計畫委員會召開第721次大會，縣府相關單位與會，向委員做詳盡規劃報告。22日大會決議，邱鏡淳縣長建請增建二重交流道及更加完整規劃整個區域發展計劃，所以委員會建請縣府重新研擬適當都市計畫方案後，再提送內政部續予審議；另會議中所討論的「柯子湖溪變更案」則是審議通過。
科三期在歷經內政部都委會14次的專案小組會議後，22日續召開會議，會中縣府提出2項規劃建議案，包括有關計畫區內北二高穿越，為使計畫區之產業專區及新竹科學園區等交通系統更臻完善，擬新設一處「二重交流道系統」，應併園區三期案納入整體規劃，一併取得該道路用地，以舒解並建構竹科北側及工研院以及計畫區聯外系統，以期貨暢其流。
另外縣府亦提出，計畫區因新竹科學園區的開發，未能依原訂計畫徵收取得，造成私有土地形同禁建般將近30年，為示公平正義並撫平民怨，及考量相關聯外道路之建線劃設，應將計畫區以南之非都市發展用地（農業區及保護區），宜一併納入整體規劃與開發。
至於「柯子湖溪變更案」，水利署第二河川局則表示，有關柯子湖溪排水工程用地，須俟都市計畫變更並完成逕為分割後，始能辦理徵收。而水利署配合縣政府時程，於用地取得後即辦理柯子湖溪排水工程整治。
依據工務處都計科資料顯示，科三期於民國93.5.10至93.6.8辦理公開展覽及說明會，歷經內政部都委會第616、632次會議審議，其間曾面臨重新公開展覽與說明會，及都計圖重製檢討發布實施的過程，終於在第686次會議（97.7.15）中審議通過。並於98.7.7至98.9.3日主要及細部計畫經縣都委會第239、242次會議審議通過，同年內政部都委會第13、14次專案小組會議審議通過，並於12/22日於內政部都委會續召開會議。
工務處都計科表示，科三期計畫面積約453公頃，位於竹東鎮頭重、二重里、三重里、科湖里部份地區，最低公共設施用地比例為43﹪（公共設施用地面積/區段徵收總面積），主要計畫內容含住宅區、商業區、工業區、零星工業區、研究專用區、產業專用區、客家農業休閒專用區、加油站專用站等分區。
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