頭前溪是新竹地區主要民生用水主要來源之一，新竹縣政府環保局與環保署每月都會定期監測頭前溪流域水質，環保局透過近期中央數據計算，頭前溪流域的RPI（河川汙染指數）平均達1.09，屬「未（稍）汙染程度」，在全國26條中央轄管河川排名第2名，檢測結果均符合飲用水源水質標準，是非常乾淨的河川。
新竹縣長楊文科說，頭前溪水質品質全國數一數二，縣府持續監測轄內河川，請民眾放心，縣府與中央共同努力，為全民做好把關。
環保局長朱振群指出，目前本局有10組移動式水質感測器，視稽查污染目標放置於重要河段或事業放流口，包含五華工業區鹿寮坑溪，可24小時連續監控，環保人員可隨時查看檢視現場狀況，水體一出現異常數據，工作人員就會趕至現場了解。
朱振群說，今年也啟動河川水質自動監測計畫，已在轄區內重點管理河川頭前溪、鳳山溪、新豐溪流域中的興隆大橋、鹿寮坑溪鐵橋、寶石橋、南華橋及振興橋等5處架設固定式水質感測器，已進行測試階段，預計7月中旬前完成監測網頁，縣府將能透過雲端科技平台遠端即時掌握水質變化，也能提供民眾由監測網頁查詢各站點監測數據。
河川水質自動監測系統採傳訊紀錄主機與水質分析儀分離式設計，監測項目包含pH、導電度、溫度、溶氧、化學需氧量、氨氮及懸浮固體等，感測電極直接接觸水體，監測項目還可以視需求進行擴充，傳訊紀錄主機透過4G無線傳訊回傳數據至雲端資料平台，如發生突發狀況無法連線時，主機可立即將資料儲存，通訊恢復後會自動補傳資料，避免資料遺失及智慧監控。
環保局指出，環保署每月定期人工監測頭前溪流域，包括上游的油羅溪和上坪溪，分別在頭前溪橋、中正大橋、竹林大橋、竹東大橋、寶山水庫、內灣吊橋、瑞昌大橋及湳雅取水口等共設置8個監測站，每月監測結果民眾都可在環保署全國環境水質監測資訊網查詢。
另外，水公司也對各淨水場的淨水流程嚴格把關，平均每天自行檢驗水源及飲用水，環保署稽查大隊及縣市環保局並採定期及不定期抽驗，保證新竹縣市自來水水質完全合乎標準，合格率是100％。