民國90年內政部會銜農委會頒布「農業用地興建農舍辦法」，受理民眾申請集村興建農舍，但今（99）年10月15日農委會以保護農地為由，頒布行政命令「--集村興建農舍坐落之農業用地，不得位於特定農業區」，一紙行政命令，讓民眾措手不及。2日2百多位農地起造人組成自救會，在副議長林為洲陪同下，向縣長邱鏡淳遞交陳情書，希望暫緩實施日期延到民國100年7月1日。邱縣長表示，將盡力協助向中央溝通協條。
邱縣長表示，對於該事件感到遺憾，因為起造人申請集村興建農舍，前後花的時間、精神至少要4-5年，現在說停就停，讓民眾沒有足夠的時間因應，就好像西裝布料已剪裁，突然說不做了，真的會讓人措手不及，希望能有落日條款空間，縣府將盡全力協助民眾因應。
林副議長表示，所謂申請集村興建農舍，是由20人「揪團」才能提出申請，現在一紙行政命令下來，讓那些找好地、過好戶還未送件，或是買好地已簽約未送件，甚至正在設計的起造人無所適從。林副議長表示，中央違反「信賴保護原則」，起造人希望爭取到落日條款，暫緩實施日期延到民國100年7月1日。縣議員林志華與邱振瑋也到場關心民眾的權益，希望中央在沒有完全配套措施下，不要貿然進行。
農業處表示：「農業用地興建農舍辦法」於民國90年由內政部會銜農委會頒布。縣府自民國92年受理第一件集村興建農舍申請，迄目前為止共計核准40件，所有審理均依據「農業發展發條例」及「農業用地興建農舍辦法」及其他相關法規之規定辦理。
惟行政院農業委員會於民國99年10月15日，以「農水保字第0991875738號令，核釋有關「農業發展條例」第18條第1項規定，為避免農地建地化且保護優良農田供農業生產使用目標，集村興建農舍坐落之農業用地不得位於特定農業區。」是以，縣府銜命對於令頒日之後所陳送的申請案件，僅能依法退件處理。
另對於令頒之日(99年10月15日) 當天或之前所受理但尚未核定資格條件者，得否本「法不溯既往原則」實施部份，縣府已函請農委會釋示待復中。至於有關集村農舍起造人之陳情案，希望政府信守「信賴保護原則」，訂定過渡期間條款，俾減輕申請人之損失，保障人民權益等訴求，縣府將轉陳中央研議。
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