有關民眾反應新竹縣垃圾掩埋場滲出水(含水肥)區域集中處理廠排放廢水，造成地方環境污染。環保局澄清表示，經查該廠放流口處原設計是放流至當地草溝，目的是結合既有自然溼地植物予以二度淨化後，再排放至海洋中。但因位置偏僻，常有不肖業者棄置廢土，且地勢低漥，造成放流水與地表逕流匯集，導致現今流口處堵塞形成沼澤，讓水中有機物質腐敗，造成水質惡化，令當地居民感到不適。環保局研議日後以專管排放處理廠的放流水，也會要求代操作維護的廠商定期巡檢採樣，並通報放流口的狀況，以確保水質無虞、避免不必要的誤會。
為妥善處理新竹縣峨眉鄉、橫山鄉、竹東鎮、湖口鄉垃圾掩埋場及新豐鄉區域垃圾掩埋場滲出水與縣境內水肥，環保局自民國96年10月開始著手規劃於新豐掩埋場內，興建垃圾掩埋場滲出水(含水肥)區域集中處理廠，並於98年3月完工，99年10月底驗收完成且運轉至今，皆無異常情事發生。
目前全廠平均每日處理水量為124CMD(其中滲出水107CMD、水肥17CMD)，採A2O模式搭配砂濾及活性碳系統等高級淨水程序後才予以放流。平日環保局除委由代操作廠商於每日固定針對進流水與放流水進行COD測定外，亦會定期於每季針對該廠之溫度、pH、SS、COD、BOD、大腸桿菌及重金屬(銅、鉻、鉛、鎘、汞、鋅、鎳、砷)進行水質分析，此外，環保局也會不定期派員對該廠進行抽驗，其檢測結果皆符合相關法規標準。
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