針對部分新竹縣民北上訴求反對璞玉計畫，新竹縣政府表示：璞玉計畫乃國家發展政策方向，經行政院開會同意列為國家重大建設計畫，並正式更名為「台灣知識經濟旗艦園區計畫」，由本府為開發主體，配合國家重大經濟產業發展，創造地方及國家最大福祉。本府乃延續上述辦理過程，依據「行政院九十三年四月八號院臺科字第0930017126 號函」，配合其內容所提之產業專用區、國際示範村、交大竹北園區修正範圍至447公頃，提出本計畫內容，並提經內政部區域計畫委員會96.12.27第221次會議審查同意後續依法辦理都市計畫規劃作業，具體落實推動「台灣知識經濟旗艦園區」構想。
邱縣長為了確保鄉親的耕作權益，指示縣府於2010年9月辦理問卷調查，至2011年2月統計同意選配「客家農業休閒專用區」之鄉親有49人，面積約4.6公頃。基於土地所有權人和個人意願有所改變，縣府也從6月1日到6月30日辦理客家農業休閒專用區預告登記，俾供中央及地方各層級都市計劃單位作為「客家農業休閒專用區」劃設及審議之參考。
本府針對鄉親疑慮之部份說明如下：
一、重新對選配客家農業休閒專用區作意願調查之原因？
因應內政部都市計畫委員會98年12月8日第720次會議審決，有關「客家農業休閒專用區」實際範圍及面積，應於辦理細部計畫及區段徵收時，確定相關地主領回該專用區之意願而定。
本府前於99年9月間之調查迄今，所有權人多所變動，為免影響地主權益及希望繼續務農的民眾出路都有所兼顧，並準確劃設該農業專用區之範圍及面積，故重新辦理意願調查。
二、客家農業休閒專用區之相關管制要點？
目前擬定有關客家農業休閒專用區之相關管制，於細部計畫之土地使用管制要點草案規定：「客家農業休閒專用區以供農業生產、休閒農場、客家田園住宅為限，其建蔽率不得大於10﹪，容積率不得大於30﹪，且均不得適用容積獎勵及容積移轉規定。」，惟仍應依將來本縣都市計畫委員會審議內容而定；至於是否設置相關設施，原則上係以埋設相關公共設施管線及整地工程為主，細節仍俟將來區段徵收工程開辦後而定。
三、區段徵收範圍內既有建物如何處理？
區段徵收範圍內既有建物，如妨礙都市計畫及區段徵收計畫，一律拆除；如未妨礙都市計畫，也未影響區段徵收計畫，原則上可以按原位置保留分配，如權利價值不足應繳納差額地價。詳見新竹縣區段徵收建物基地申請原位置保留分配審核作業要點。（附件）
四、120沿線旁現住戶處理原則：
現住戶位於公共設施用地範圍內者，將納入區段徵收並配合拆除。
現住戶位於住宅區用地範圍內者，土地所有權人可申請合法建物基地原位置保留。
五、原住戶有屋無地者（含縣有耕地承租戶）處理原則：
對於土地與建物分屬不同所有權人者（有屋無地），原則須由土地所有權人提供建物基地全部土地權利價值，才能安置，有安置戶資格者，由本府統籌興建國民住宅集中安置，專案讓售一個建築單元，並將於徵收計畫書中予以載明。
六、繳納差額地價處理原則：
原都市計畫外土地於辦理區段徵收後改為都市計畫內土地，土地之價值上漲，故配回土地面積會減少，而減少程度則因持有土地之價值及選擇配回土地之位置及地價而有不同，另因分配街廓有最小建築單位面積限制（受畸零地使用規則、都市計畫及都市設計所規定最小建築基地之寬度、深度及面積等相關規定限制），故安置拆遷戶於選配最小建築單位面積時，若選配之土地價值（面積×每單位面積之地價）大於持有之權利價值，則須補繳差額地價。
七、稅賦優惠問題
區段徵收土地所有權人不論是領取現金補償地價，或是申請發給抵價地，都免徵土地增值稅，區段徵收完成後，區內土地自土地所有權人接管之日起，地價稅減半徵收二年（工程驗收在土地接管日期之後者，以工程驗收合格日為起算日期），土地所有權人領回抵價地後第一次移轉時，土地增值稅減徵百分之四十。
資料來源：新竹縣政府地政處、國際產業發展處