89年1月26日修正公布之農業發展條例第20條第1項及第2項分別規定：「本條例中華民國89年1月4日修正施行後所訂立之農業用地租賃契約，應依本條例之規定，不適用耕地三七五減租條例之規定。本條例未規定者，適用土地法、民法及其他有關法律之規定。」、「本條例中華民國89年1月4日修正施行前已依耕地三七五減租條例，或已依土地法及其他法律之規定訂定租約者，除出租人及承租人另有約定者外，其權利義務關係、租約之續約、修正及終止，悉依該法律之規定。」
簡言之，自89年1月28日(含)以後所訂立之耕地租約，不適用耕地三七五減租條例，而89年1月27日(含)以前所訂立之耕地租約，仍繼續適用耕地三七五減租條例。
（註：依中央法規標準法第13條規定，法規明定自公布或發布日施行者，自公布或發布之日起算至第三日起發生效力。）